Vaka, Santiago isimli Endülüslü çobanın koyun sürüsü ile terkedilmiş kilisenin önüne bir akşam üstü gelmesiyle başlar. Delikanlı okuyup bitirdiği kitabı yastık yapar ve bu kilisede uyur. Bir hafta önce gördüğü rüyayı tekrar görür, sonunu getiremeyerek uyanır. Hayvanlarını ve bir yıl önce koyunlarını kırktırmak üzere götürdüğü tüccarın kazını hatırlar. Anlattığı hikayelerle kızı etkilemiştir Tüccar gelecek yıl da koyunlarını getirmesini söylemişti. Delikanlı artık kızla görüşmek için sabırsızlanır.
Delikanlı okuma yazmayı ve bu kadar hikayeyi nasıl öğrendiğini kıza açıklar. On altı yaşına kadar Papazlık Okulu'na gitmiş, Latince, İspanyolca ve din bilimi okumuştur. Fakat o rahip olmak istemez. Bir gün tüm cesaretini toplayarak babasına rahip olmak istemediğini, yolculuk ederek dünyayı tanımak istediğini söyler. Böylece de çoban olmaya karar verir. Babasının da dünyayı dolaşma isteği vardır, bu yüzden oğluna üç eski İspanyol altın lirası verir.
Tarifa'ya uğrayıp hem kitabını değiştirmeyi, hem şarap almayı tasarlar. Burada düş yorumcusu yaşlı bir kadının yaşadığını hatırlar. Kadına rüyasını anlatır. Rüyasında koyunlarıyla bir otlaktayken bir çocuk görür. Çocuk koyunlarıyla oynamaya başlar. Sonra birden elinden tutup delikanlıyı Mısır piramitlerinin yanına götürür ve "Buraya gelirsen bir hazine bulacaksın" der. Çocuk tam hazineyi gösterecekken delikanlı uyanır. Bunları duyunca kadın para istemez, sadece hazineyi bulursa onda birini kendisine vereceğine söz vermesini ister. Rüyanın yorumunu dinledikten sonra delikanlı bu yorumu çok basit bulur ve ondan ayrılır.
Tarifa'dan aldığı kalın kitabı okumaya başladığında yaşlı bir adam yanına oturur. Susadığını, şarap içmek istediğini söyler. Daha sonra kitap hakkında düşüncelerini aktarır. Salem Kralı olduğunu söyleyerek delikanlının geçmişinden bazı gizli şeyler anlatır. Koyunlarının onda birini verirse hazinenin yerini söyleyeceğini bildirir. Santiago kararsızdır. Fakat kişisel menkıbesini yaşamak için her şeyden vazgeçer. Koyunların onda birisini yaşlı adama verip diğerlerini de satar. Yaşlı adam ona hazinenin Mısır piramitlerinin yanında olduğunu, ona ulaşmak için işaretlere dikkat etmesi gerektiğini ve kişisel Menkıbe'sini yaşamak isteyenlere evrenin ruhunun yardım edeceğini söyler. Boynuna asmış olduğu altın göğüslüğünden biri siyah biri beyaz iki taş çıkarır ve delikanlıya verir. Bunlar Urim ve Tummim'dir. Siyah taş "evet", beyaz taş "hayır" demektir. Karar vermesine yardımcı olacaklardır. Salem Kralı, Santiago'nun macerasında unutmaması gereken bir nasihat olarak Mutluluğun Gizi'ni arayan birinin hikayesini anlatır ve bir daha görüşmeyeceğini bilerek ondan ayrılır.
Delikanlı hazinesini aramak üzere Afrika'ya gider, orada kendisine yardım edeceğini söyleyen bir Arap bütün parasını çalar. Ümitsizlik içindeyken çantadaki iki taşın farkına varır. Yaşlı adamın kutsamasının devam edip etmediğini sorar, çantadan siyah taş çıkarır. Tonca şehrinde Pazar yerinde yardımcı olur. böylece biri İspanyol biri Arap iki insanın "sözcüklerin ötesinde bir dille" konuştuklarını fark eder. Yaşlı adamın söylediği "Her şey bir tek ve aynı şeydir" sözünü de anlamış olur.
Tonca'da bir billuriyecinin yanında çalışmaya başlar. Delikanlı işe başladıktan sonra birçok değişiklik yapıp daha çok müşteri ayrılırken billuriyeci onun tekrar çobanlığa dönmeyeceğini bildiğini söyler. Bunu da "Mektup" sözüyle noktalar. Santiago şaşkınlık içinde oradan ayrılır.
Mısır yolculuğuna delikanlı simya ilmiyle uğraşan bir İngiliz'le devam eder. İngiliz Arap Simyacıyı bulmak için Al-Fayoum Vaha'sına gitmektedir. Yorucu çöl yolculuğu sırasında fikir alış verişinde bulunurlar. Bu sırada kabileler arasında savaş başlar. Buna rağmen kervan Al-Fayoum'a varır.
Burada bir müddet tehlikelerden uzaktadırlar. İngiliz, Simyacıyı bulmak için delikanlıdan yardım ister. Arapça'yı iyi öğrenmiş olan Santiago kuyu başına gelenlerden simyacıyı sorar, fakat cevap alamaz. Yaşlı bir adamın sözlerinden simyacının vahada olduğunu tahmin ederler. Delikanlının görür görmez aşık olduğu Fatima isimli kızdan, dünyanın sırlarını bilen ve çölün cinleriyle konuşan bir adama dair bilgi alırlar. İngiliz Simyacıyla görüşür ve ona kurşunu altına dönüşmeyi denemesini söyler.
Delikanlı çölü düşünüp atmacaları seyrederken birden gözünde kısa bir görüntü belirir. Silahlı bir birlik elde kılıç vahayı işgal etmektedir. Gördüğü hayali vaha reislerine anlatır. Buna göre tedbir alırlar. Reislerin yanından ayrıldığında aklında, billuriyeci ile vedalaştığı ve Fatima ile karşılaştığında söylenen "Mektup" sözü vardır, bunları düşünürken bir gürültü ve sarsıntıyla yere yuvarlanır. Kendine geldiğinde bir süvarinin kılıcını alnına dayayarak, atının üstünde taş gibi durduğunu görür. Bu simyacıdır ve atmacalarının uçuşunu neden yorumladığını sorar. Delikanlı korkar, fakat kaçmaz. Cesaretini böylece ispatlar. Simyacı ona güneş battıktan sonra kendisini görmeye gelmesini söyleyerek ayrılır.
Delikanlının tahmin ettiği gibi savaş olur ve vahanın askerleri savaşı kazanır. Bundan dolayı elli altınla ödüllendirilir ve vaha müşaviri olması istenir.
Santiago güneş battıktan sonra Simyacı'yla görüşmeye gider, simyacı ona "Kişisel Menkıbesine" ulaşmasına yardım edecektir. Ertesi gün yola çıkarlar. Hazineyi bulma yolunda Simyacı kılavuzluk edecektir. Santiago Fatima'dan ayrılacağı için çok üzgündür.
Simyacı, delikanlıya bilmesi gereken her şeyi yolculuğun öğreteceğini söyler. Ondan çölün içine dalmasını, yüreğini dinlemesini ister. Delikanlı yüreğini dinlemeye çalışır, çünkü yüreği neredeyse hazinenin de orada olacağım anlar. İki gün daha yol alırlar. Savaşların şiddetlendiği yerlerde Simyacı daha dikkatli davranır. Bu arada Santiago yüreği ile dost olmuştur. Birden tehlike sezinler. Çok geçmeden etraflarını atlı süvariler sarar. Onları ordugaha getirirler. Simyacı kendisinin çölde gezen ve yıldızlan tanıyan biri, delikanlının ise doğanın güçlerini bilen bir simyacı olduğunu ve bu güçlerini komutana göstermek istediğini söyler. Üç gün süre isterler. Eğer delikanlı rüzgara dönüşmezse ölüme razı olduklarını ,7 açıklarlar.
Rüzgara nasıl dönüşüleceğini Santiago bilmez. İki gün geçmiştir. Simyacının tavsiyesiyle yüreğini dinler. Çölden yardım ister, ama çöl de ne yapacağını bilmez. Rüzgardan yardım ister, ancak o da bir insanı rüzgara çevirmeyi bilmez. Sonra rüzgardan kör olmadan güneşe bakabilmesi için ortalığı fazla sarmasını ister. Güneşle de konuşur, fakat yine yardım alamaz. Her şeyi yazmış olan "El" le konuşması gerektiğini söyler. Böylece delikanlı Evrenin Ruhu'na dalar. Evrenin ruhunun Tanrı'nın ruhunun parçası olduğunu anlar. Bu alanlardan sonra serbest bırakılırlar ve koruma görevlileri verilir. Bir gün yolculuktan sonra simyacı muhafızları gönderir. Bir kipti manastırına varırlar. Burada Simyacı bir kurşun parçasını altına çevirir. Altını dört parçaya böler. Bir parçasını keşişe, bir parçasını delikanlıya, bir parçasını çocuğun ihtiyacı olursa diyerek tekrar keşişe verir. Bir parçasını da kendisine ayırır. Santiago'ya bir hikaye anlatarak ayrılır.
Simyacının dediklerini düşünerek yola çıkar. Hazine neredeyse, yüreğinin de orada olacağını bilerek yürür. Nihayet piramitlerin yanına gelmiştir. Gördüğü bir böceği işret sayarak orayı kazmaya başlar, fakat hazineyi bulamaz. Savaş mültecileri delikanlının üzerini ararlar ve altınlarını alırlar. Başka altınlar gizlediğini düşünerek kazmaya zorlanır. Hiçbir şey çıkmayınca da dövülür. Perişan haliyle saldırganlara piramitlerin yanında gömülü olan hazineyi ilk kez rüyasında gördüğünü anlatır. Bunun üzerine reis ona şöyle der: "Ölmeyeceksin. Yaşayacaksın ve insanın bu kadar budala olmaya hakkı olmadığını öğreneceksin. Şimdi senin bulunduğun yerde, bundan iki yıl kadar önce, üst üste aynı düşü gördüm. Düşümde İspanya'ya gitmem, çobanların koyunlarıyla birlikte içinde uyudukları, ayin eşyalarının konulduğu yerde büyümüş bir firavun inciri bulunan yıkık bir köy kilisesi aramam gerektiğini gördüm ve bu firavun incirinin dibini kazarsam gizli bir hazine bulacakmışım. Ama sadece aynı düşü iki kez gördüğüm için çölü geçecek kadar budala değilim ben.
Nihayet hazineyi bulmuştur.
Delikanlı akşamüzeri terk edilmiş küçük kiliseye gelir. Firavun incirinin dibini kazıp, hazineyi çıkarır. Urim ile Tummim taşlarını da hazineye koyar. Artık yolunu beklediği Fatima'sına gidebilir.
